as-tu correctement réglé cubase pour qu’il envoie la MIDI clock sur le MIDI Out auquel est connecté ton SEQ?
peux-tu mesurer le retard du SEQ, voir si, même en changeant le tempo tu as toujours par exemple 1 temps de retard…dans ce cas là , c’est peu être un bug du SEQ - quelle version tu as chargé? un bug de ce type a existé dans la v2, mais a été corrigé, peut-être le problême est-il réapparu dans la v3..)
sinon, je te conseillerais de plutôt mettre le SEQ en maître, même si cubase est en esclave, il re-transmettra la MIDI clock à tes synthés..