argh - just noticed that you are the guy who developed this great PCB! 
Hm… it will definitely be difficult to find a good solution. :-/
Maybe patching MIOS would help?
You could change the direction of all DOUT registers in MIOS32_SRIO_Loop:
[tt]
MIOS_SRIO_Loop
btfsc MIOS_SRIO_PORT_DIN, MIOS_SRIO_PIN_DIN
bsf IRQ_TMP5, 7
bsf MIOS_SRIO_LAT_DOUT, MIOS_SRIO_PIN_DOUT
btfss INDF2, 7
bcf MIOS_SRIO_LAT_DOUT, MIOS_SRIO_PIN_DOUT
btfss MIOS_SRIO_PORT_DIN, MIOS_SRIO_PIN_DIN
bcf IRQ_TMP5, 7
bsf MIOS_SRIO_LAT_SCLK, MIOS_SRIO_PIN_SCLK
nop
btfsc MIOS_SRIO_PORT_DIN, MIOS_SRIO_PIN_DIN
bsf IRQ_TMP5, 6
bcf MIOS_SRIO_LAT_SCLK, MIOS_SRIO_PIN_SCLK
bsf MIOS_SRIO_LAT_DOUT, MIOS_SRIO_PIN_DOUT
btfss INDF2, 6
bcf MIOS_SRIO_LAT_DOUT, MIOS_SRIO_PIN_DOUT
btfss MIOS_SRIO_PORT_DIN, MIOS_SRIO_PIN_DIN
bcf IRQ_TMP5, 6
bsf MIOS_SRIO_LAT_SCLK, MIOS_SRIO_PIN_SCLK
nop
btfsc MIOS_SRIO_PORT_DIN, MIOS_SRIO_PIN_DIN
bsf IRQ_TMP5, 5
bcf MIOS_SRIO_LAT_SCLK, MIOS_SRIO_PIN_SCLK
bsf MIOS_SRIO_LAT_DOUT, MIOS_SRIO_PIN_DOUT
btfss INDF2, 5
bcf MIOS_SRIO_LAT_DOUT, MIOS_SRIO_PIN_DOUT
btfss MIOS_SRIO_PORT_DIN, MIOS_SRIO_PIN_DIN
bcf IRQ_TMP5, 5
bsf MIOS_SRIO_LAT_SCLK, MIOS_SRIO_PIN_SCLK
nop
btfsc MIOS_SRIO_PORT_DIN, MIOS_SRIO_PIN_DIN
bsf IRQ_TMP5, 4
bcf MIOS_SRIO_LAT_SCLK, MIOS_SRIO_PIN_SCLK
bsf MIOS_SRIO_LAT_DOUT, MIOS_SRIO_PIN_DOUT
btfss INDF2, 4
bcf MIOS_SRIO_LAT_DOUT, MIOS_SRIO_PIN_DOUT
btfss MIOS_SRIO_PORT_DIN, MIOS_SRIO_PIN_DIN
bcf IRQ_TMP5, 4
bsf MIOS_SRIO_LAT_SCLK, MIOS_SRIO_PIN_SCLK
nop
btfsc MIOS_SRIO_PORT_DIN, MIOS_SRIO_PIN_DIN
bsf IRQ_TMP5, 3
bcf MIOS_SRIO_LAT_SCLK, MIOS_SRIO_PIN_SCLK
bsf MIOS_SRIO_LAT_DOUT, MIOS_SRIO_PIN_DOUT
btfss INDF2, 3
bcf MIOS_SRIO_LAT_DOUT, MIOS_SRIO_PIN_DOUT
btfss MIOS_SRIO_PORT_DIN, MIOS_SRIO_PIN_DIN
bcf IRQ_TMP5, 3
bsf MIOS_SRIO_LAT_SCLK, MIOS_SRIO_PIN_SCLK
nop
btfsc MIOS_SRIO_PORT_DIN, MIOS_SRIO_PIN_DIN
bsf IRQ_TMP5, 2
bcf MIOS_SRIO_LAT_SCLK, MIOS_SRIO_PIN_SCLK
bsf MIOS_SRIO_LAT_DOUT, MIOS_SRIO_PIN_DOUT
btfss INDF2, 2
bcf MIOS_SRIO_LAT_DOUT, MIOS_SRIO_PIN_DOUT
btfss MIOS_SRIO_PORT_DIN, MIOS_SRIO_PIN_DIN
bcf IRQ_TMP5, 2
bsf MIOS_SRIO_LAT_SCLK, MIOS_SRIO_PIN_SCLK
nop
btfsc MIOS_SRIO_PORT_DIN, MIOS_SRIO_PIN_DIN
bsf IRQ_TMP5, 1
bcf MIOS_SRIO_LAT_SCLK, MIOS_SRIO_PIN_SCLK
bsf MIOS_SRIO_LAT_DOUT, MIOS_SRIO_PIN_DOUT
btfss INDF2, 1
bcf MIOS_SRIO_LAT_DOUT, MIOS_SRIO_PIN_DOUT
btfss MIOS_SRIO_PORT_DIN, MIOS_SRIO_PIN_DIN
bcf IRQ_TMP5, 1
bsf MIOS_SRIO_LAT_SCLK, MIOS_SRIO_PIN_SCLK
nop
btfsc MIOS_SRIO_PORT_DIN, MIOS_SRIO_PIN_DIN
bsf IRQ_TMP5, 0
bcf MIOS_SRIO_LAT_SCLK, MIOS_SRIO_PIN_SCLK
bsf MIOS_SRIO_LAT_DOUT, MIOS_SRIO_PIN_DOUT
btfss INDF2, 0
bcf MIOS_SRIO_LAT_DOUT, MIOS_SRIO_PIN_DOUT
btfss MIOS_SRIO_PORT_DIN, MIOS_SRIO_PIN_DIN
bcf IRQ_TMP5, 0
bsf MIOS_SRIO_LAT_SCLK, MIOS_SRIO_PIN_SCLK
nop
[/tt]
The bold lines mark the code which has to be changed - instead of counting INDF2 from 0 to 7, it’s addressed from 7 to 0 in this modification.
All LED assignments have to be adapted thereafter, direct (8-bit) SR Writes will be mirrored (as you want)
Best Regards, Thorsten.